中国道教协会第二次全国代表大会于1961年11月1日在北京崇文门内新侨饭店召开。出席会议的道教界代表99人，其中全真派85人(坤道12人)、正一派14人，平均年龄在60岁以上。
由陈撄宁代表第一届理事会向会议全体代表作《工作报告》，认为：中国道协自成立以来，在团结道教界人士为社会主义建设服务方面，作了一些工作；在推动道教界进行思想改造和参加劳动生产方面，也取得了一些成绩;在学术研究方面，对道教的历史资料，也做了一些整理工作。不足的是与各地道教徒联系较少，不能及时了解和反映道教的意见和要求。会议认真讨论了《工作报告》，并明确了今后中国道协的工作方向，决定以研究工作和培养道教知识分子为中心任务。认为：我国道教有二千多年的历史，文化遗产很丰富，道教界人士有义务有责任整理和研究这一部分祖国的文化遗产。今后要有计划、有步骤地搜集、整理资料，开展研究工作。为了继承道教的文化遗产，更好地开展研究工作，需要在道教徒中培养出一批具有学术研究能力的人才，今后道协应担负起这个任务。
第二届全国代表会议于11月9日选举产生了第二届理事会、常务理事会、会长和副会长。理事65人，他们是：陈撄宁、易心莹、盂明慧、乔清心、黎遇航、杨祥富、李锡庚、苏宗赋、刘之维、韩守松、韩壬泉、万昭虚、王教化、韩高超、房理家、张源锟、许鹤梅、陈莲笙、宋祖德、许丽生、郑明岫、滕启方、满永森、陈犁头、匡常修、曾习勤、刘崇凯、李崇钦、李理志、尚士廉、赵理朴、李明贵、陈崇朴、杨嗣真、于诚润、张理谦、李本耀、张诚教、朱宗兴、阎崇德、师维新、李信志、苏宗善、李永德、蒋宗翰、于通文、曾宗恒、陈珲实、龙教镇、李兴儒、陈旅清、曹祥贞、杨惠堂、阮至清、张崇仁、李旭阳、向元理、陈珲元、向诚心、陈理贵、刘钦书、田崇苗、李智深、胡元空、范明证。
常务理事为：陈撄宁、易心莹、孟明慧、乔清心、黎遇航、杨祥富、李锡庚、苏宗赋、万昭虚、刘之维、韩守松、韩壬泉、尚士廉、陈理实、曾宗恒、蒋宗翰、于诚润。经理事会推选陈撄宁为会长，易心莹、孟明慧、乔清心、蒋宗翰、黎遇航为副会长，黎遇航兼秘书长，陈理实、曾宗恒为副秘书长。
第二届常务理事会旋即根据代表会议决议的精神，讨论并决定了以下几项工作：
(1)道协研究工作五年规划，编写出一部比较完善的《中国道教史》；
(2)决定出版《道协会刊》(会内不 定期刊物)，刊载道教界有关道教学术研究的各种专著与论文，道教谱录、表记及其他资料的编纂，道教重要文献资料的介绍，古代重要道教著作的今译，国外著名道教论著的汉译；会务活动报导及各地教务动态；
(3)开办“道教徒进修班”，学制五年，教学目的是为名山宫观培养教务工作及宫观管理人才，也培养道教专门学术人才，以便进一步深入研究，继承和发扬道教优良传统。招收正式的青年道教徒入学，用师父带徒弟的方式教学；
(4)动员道教界注意保护道教经典及道教文物古迹；
(5)推选蒋宗翰道长任北京白云观方丈，加强对白云观的管理。
会议期间还修改了《中国道协章程》，其宗旨为：“本会宗旨为团结全国道教徒，在人民政府领导下，继承和发扬道教的优良的传统；积极参加国家的社会主义建设和保卫世界和平，协助政府贯彻宗教信仰自由政策。”
会议结束后，党和国家的领导人国务院副总理习仲勋、中共中央统战部副部长张执一、国务院宗教局局长肖贤法等在全国政协会议厅接见了全体代表，并合影留念。会后，中国道协新设了研究室，开展道教研究工作；出版了《道协会刊》；开办了“道教徒进修班”，白云观隆重举行了蒋宗翰方丈升座典礼。
1962年9月27日至10月7日，在北京召开二届二次常务理事会议，听取并讨论了陈撄宁会长关于“道协1962年上半年工作情况及下半年工作安排”；讨论并通过了《道协工作简则》、《道教徒进修班教学计划》；讨论了《中国道教史提纲》(草稿)，交流了各地情况。
此外还学习了中国共产党八届十中全会公报，座谈了国际、国内形势。此次常务理事会后，因故直到1980年5月6日才在京召开第二届二次理事扩大会议，出席会议者仅30人。会议通过了第二届常务理事会关于召开第三次代表会议的决定。
