中国道教文化研究所是在中国道教协会研究室的基础上成立的。中国道协在1961年11月成立了专门研究道教历史和学术的机构——研究室。首任研究室主任为著名道教学者陈撄宁先生。研究室成立后，制定了《研究工作五年规划》，以编写《中国道教史》为中心工作。此外，还承担了为道教徒进修班编写讲义及为新编《辞海》撰写道教词目释义等任务。至1964年10月，先后完成了《中国道教史提纲》、《道教知识类编初集》、《〈道藏〉分类目录新编》等十余种研究成果，并编辑出版《道协会刊》四期。1966年“文化大革命”爆发后，中国道协的研究工作被迫中断了十余年。1980年中国道协召开了第三届全国代表会议。会后便恢复了研究室。
1989年，中国道协根据教内外学者们的意见，为促进道教文化的研究和交流，经国务院宗教事务局批准，成立了道教文化研究所。道教文化研究所成立后，先后与西安市道教协会、武当山道教协会、庐山仙人洞道院、茅山道院、南昌和西山万寿宫、上海市道教协会、福建省道教协会、湖南省道教协会、青岛崂山太清宫、广东圆玄道观等联合举办了大型学术研讨会。
